Anch'io mi sto dando ad Android e alla programmazione di applicazioni personalizzate e questo è un quesito la cui risposta interessa tanto anche me. Non ho ben capito di che applicazione si tratta però al momento non mi sono ancora scontrato con l'utilizzo della Wifi ergo, come te, attendo una risposta da chi ne sa più di noi! ;)

Ciao non sono un programmatore Android, ma è bastata una piccola ricerca su google per trovare questo risultato
http://stackoverflow.com/questions/5674333/android-how-to-enable-disable...
sinceramente non amo nemmeno Java, tuttavia mi sembra di capire che bisogna creare un oggetto di classe WifiManager e instanziarlo praticando casting esplicito della funzione getSystemService(Context.WIFI_SERVICE); successivamente si può disattivare tramite il metodo
wifi.setWifiEnabled(false);

Devo dire che è davvero una figata! si opera andando a modificare delle parti abbastanza delicate del sistema operativo in maniera semplicissima! Inoltre su quel sito stesso si dice che should work, quindi diciamo che potresti stare abbastanza tranquillo! :)
Non credevo proprio che fosse così immediato fare una cosa del genere... chissà se è così per tutto...
Piuttosto avrei una domanda da farti:
Un pò di tempo fa volevo provare io stesso a programmare per android, ma mi sono limitato a scaricare il Software development kit, senza andare di fatto a scrivere nulla. Tu come mi consigli di cominciare? Che IDE utilizzi? A me sarebbe piaciuto scrivere delle parti di codice in c, ma a quanto pare, sembra che sia altamente sconsigliato, a meno di non sapere con precisione quello che si sta facendo...
Un'altra cosa: è difficile progettare le interfacce grafiche?

Cercando su google ho trovato anche questo sito, forse ti può essere utile:
http://android-er.blogspot.com/2011/01/turn-wifi-onoff-using.html